处在不断发展时期的医药工程与健康管理系紧紧围绕黑龙江省四大支柱产业——制药行业、食品加工行业需求，更好地服务地方经济。开设有药物制剂、护理、口腔义齿制造、农产品保鲜与加工四个专业。其中药物制剂专业经过近二十年的建设现已建设成为国家中等职业改革发展示范校重点建设专业；国家高技能人才培训基地重点建设专业；黑龙江省、哈尔滨市名牌专业。口腔义齿制造、农产品保鲜与加工专业、护理专业已经建设成为我院特色专业。建有黑龙江省药物制剂技能大师工作室、医药义齿综合实训基地、药品GMP实训车间、护理综合实训基地、酿造实训室，焙烤实训室等19个实训基地。

创新人才的培养一直是学院的办学特色,医药工程与健康管理系秉承“准确定位、提升内涵、育人为本、科学发展”的专业建设思路，构建了“工学结合、校企共育”的人才培养模式，进一步开发了“基于工作过程”的“三位一体”的课程体系和“以行动为导向、教、学、做一体”的教学模式，形成了具有鲜明职教特色的人才培养体系。拥有一支由专任教师和行业企业中高级技术人员组成的专兼结合的教学团队，引进具有20余年药企工作经验的行业专家刘晓艳为学科带头人，教师全部为本科以上学历，双师型教师占专业教师的比例为90%以上。构建起了一支“双师型、现代型、科研型”的教师团队。

经过全体教师共同努力，该系技能人才培养取得显著成效，共培养出毕业生3800余人，他们主要分布于黑龙江省的各大医院、医药和食品生产和经营企业，涌现出一大批以刘宝成、张勇、林根雨、程宇瑶等为代表的车间主任、车间管理人员；以杨添驰、李帅等为代表的创业明星；以魏传男、陈凯宾、于洪岩等为代表的优秀企业员工。经过多年来的专业建设与发展，系部与哈药集团、华润雪花、哈尔滨啤酒厂、康师傅控股哈尔滨顶益食品有限公司、黑龙江省乌苏里江药业集团、黑龙江江世药业、中国天一药业、哈尔滨正大龙祥医药有限公司、宏腾医药连锁公司、宝丰药业等大型生产经营企业建立了长期的校企合作关系，开展了冠名班、订单培养等多种人才培养模式，确保了学生培养质量，实现了优质就业。